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Obsidianプロジェクトナレッジベース セットアップ

Claude Scholarには、Obsidian研究ナレッジベースワークフローが内蔵されています。MCPやAPIキーは不要です。

このワークフローでできること

Obsidianは単なる論文ライブラリではなく、研究プロジェクトの既定ナレッジレイヤとして扱われます。保存対象は次の通りです。

• 安定したプロジェクト背景と研究課題
• 論文ノートと文献統合
• 実験 runbook と結果要約
• 日次研究ログ、scratch notes、同期キュー
• draft、slides、proposal、rebuttal などの執筆資産
• 主作業面に残し続けるべきでない履歴知識

Requirements

Required

• ローカルの Obsidian vault パス
• OBSIDIAN_VAULT_PATH を環境変数で設定するか、bootstrap 時に明示的に渡すこと

Optional

• ナビゲーション用に Obsidian Desktop をインストールして開いておくこと
• open/search/daily 操作用の obsidian CLI
• きれいな obsidian:// リンクや CLI targeting 用の OBSIDIAN_VAULT_NAME

内蔵 skills

Claude Scholar には project-scoped な Obsidian KB workflow が含まれています。

既定ワークフローの中心は次の skills です。

• obsidian-project-kb-core
• obsidian-source-ingestion
• obsidian-literature-workflow
• obsidian-kb-artifacts
• defuddle

既定ワークフローは .base、MCP、API サービスに依存しません。既定で自動保守されるグラフ artifact は Maps/literature.canvas のみで、追加の .base view や project / experiment canvas は explicit-only です。

既定の挙動

Claude Scholar が .claude/project-memory/registry.yaml を含むリポジトリ内で実行されている場合、そのリポジトリを Obsidian プロジェクトナレッジベースにバインド済みとして扱い、既定で更新を行います。

まだバインドされていなくても、.git、README.md、docs/、notes/、plan/、results/、outputs/、src/、scripts/ などから研究リポジトリらしいと判断できる場合は、自動で bootstrap します。

Vault 内の既定ディレクトリ構成

Research/{project-slug}/
  00-Hub.md
  01-Plan.md
  02-Index.md
  Sources/
    Papers/
    Web/
    Docs/
    Data/
    Interviews/
    Notes/
  Knowledge/
  Experiments/
  Results/
    Reports/
  Writing/
  Daily/
  Maps/
  Archive/
  _system/
    registry.md
    schema.md
    lint-report.md

よく生成されるファイルは次の通りです。

• 02-Index.md
• _system/registry.md
• _system/schema.md
• _system/lint-report.md
• .claude/project-memory/{project_id}.md
• 文献ワークフローで必要な場合の Maps/literature.canvas

Repo-local binding metadata

各研究リポジトリは次を持ちます。

.claude/project-memory/
  registry.yaml
  {project_id}.md

• registry.yaml は repo ↔ vault の binding を保持
• {project_id}.md は assistant-facing な runtime project memory を保持

ノート言語

生成・同期ノートの言語は次の優先順位で決まります。

1. .claude/project-memory/registry.yaml の project config
2. 環境変数 OBSIDIAN_NOTE_LANGUAGE
3. 既定値 en

注意：registry.yaml は repo-local runtime binding file のままです。プロジェクト内で見える source of truth は _system/registry.md です。

主なコマンド

• /kb-init — vault-first の project KB を初期化
• /kb-status — バインド済み KB の状態を要約
• /kb-ingest — 新しい source material を canonical notes にルーティング
• /kb-log — 当日の Daily/ と関連サーフェスを更新
• /kb-sync — 決定論的な KB メンテナンスと再同期を実行
• /kb-links — canonical notes 間の wikilink を修復または強化
• /kb-promote — 安定した内容を canonical note に昇格
• /kb-index — 02-Index.md を再生成
• /kb-lint — 決定論的な KB 健全性チェックを実行し _system/lint-report.md を更新
• /kb-archive — KB オブジェクトを archive、detach、purge、rename する
• /kb-map — 既定の literature canvas 以外の artifact を明示要求時に生成
• /kb-literature-review — Sources/Papers から文献統合を生成し Knowledge、Writing、Maps/literature.canvas に反映する

バインド済み repo の最小メンテナンス面

リポジトリが .claude/project-memory/registry.yaml で既にバインドされている場合、Claude Scholar は保守を保守的に行います。

• 研究状態が変わったら Daily/YYYY-MM-DD.md を確認する
• project のトップレベル状態が本当に変わったときだけ 00-Hub.md を更新する
• project 状態が変わったら .claude/project-memory/{project_id}.md を更新する
• Knowledge/、Experiments/、Results/、Writing/ は毎回自動で書き換えず agent-first を維持する

オプション: Obsidian CLI のインストール

公式 Obsidian CLI は新しいデスクトップインストーラーに内蔵されています。obsidian ... を使うには：

1. CLI 登録をサポートする Obsidian Desktop を使う
2. Obsidian Desktop で Settings -> General -> Advanced を開く
3. Command line interface を有効にする
4. macOS では /Applications/Obsidian.app/Contents/MacOS を PATH に追加する（例: ~/.zprofile）
5. ターミナルを再起動して次で確認する

obsidian help
obsidian search query="diffusion" limit=5

Command line interface is not enabled と出る場合、シェル側の PATH は正しいが Obsidian アプリ内のトグルがまだオフです。

Lifecycle actions

Detach

• 自動同期を停止する
• vault 内容は残す
• project memory file も残す

Archive

• note archive は canonical note を Research/{project-slug}/Archive/ に移動する
• project archive はプロジェクト全体を Research/_archived/{project-slug}-{date}/ に移動する
• archive は履歴を保持し、project archive では同期も無効化する

Purge

• binding、project memory、vault 内の project folder を永久削除する
• 明示的に永久削除を求められた場合のみ使う