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文档润色Agent.md

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+# 文档润色 Agent 与 Claude Scholar 学术插件快速索引
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+问题开始时间：2026-05-30-16-16-29
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+## 0. 本次下载与阅读范围
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+本次已在 `文档润色流和知识库构建流` 中保留并新增以下材料：
+
+- 既有解包目录：`文档润色流和知识库构建流/claude-scholar`
+- 本次 Git 下载目录：`文档润色流和知识库构建流/claude-scholar-upstream`
+- GitHub 仓库：<https://github.com/Galaxy-Dawn/claude-scholar>
+- 当前读取提交：`105a476`
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+重点阅读文件：
+
+- `README.zh-CN.md`、`README.md`
+- `MCP_SETUP.zh-CN.md`
+- `OBSIDIAN_SETUP.zh-CN.md`
+- `.claude-plugin/plugin.json`
+- `.claude-plugin/marketplace.json`
+- `agents/*.md`
+- `skills/*/SKILL.md`
+- `commands/*.md`
+- `rules/claude-scholar-core.md`
+- `rules/agents.md`
+- `rules/experiment-reproducibility.md`
+
+## 1. 插件定位
+
+`claude-scholar` 是面向学术研究、软件开发、实验分析、论文写作和项目知识库维护的半自动研究助手。它的核心理念不是替代研究者，而是把高重复、重结构、易遗忘的研究流程交给 Agent 维护，让人的判断仍处于中心。
+
+官方主线工作流可以概括为：
+
+```text
+问题 -> 证据 -> 实验 -> 分析 -> 论断 -> 写作
+```
+
+对本项目的价值：
+
+- 将 `核心资料汇总_MD` 中的申报书、博士论文、答辩 PPT、商业计划书、项目申请表等材料变成可复用知识。
+- 对文档润色建立 claim-evidence 纪律，避免把材料中的宣传性表述直接当事实。
+- 从过往获批材料、BP、博士论文中提炼结构、表达、证据节点、图文组织和申报叙事。
+- 为后续知识库、标书、成果汇总、答辩稿、项目申请书提供可追溯的写作素材。
+
+## 2. 安装与调用方式
+
+### 2.1 完整安装
+
+```bash
+git clone https://github.com/Galaxy-Dawn/claude-scholar.git /tmp/claude-scholar
+bash /tmp/claude-scholar/scripts/setup.sh
+```
+
+说明：
+
+- `main` 分支面向 Claude Code。
+- Codex CLI 官方建议使用 `codex` 分支。
+- OpenCode 用户使用 `opencode` 分支。
+- 安装器会尽量保留已有配置，把仓库托管的 `CLAUDE.md` 作为 sidecar 文件安装。
+
+### 2.2 插件市场安装
+
+```text
+/plugin marketplace add Galaxy-Dawn/claude-scholar
+/plugin install claude-scholar@claude-scholar
+```
+
+注意：
+
+- 插件市场安装会加载 skills、commands、agents、hooks。
+- Claude Code 插件不能自动分发 `rules/`，rules 需要手动复制。
+- `CLAUDE.md` 和 `settings.json` 不会自动合并到用户原配置，需要人工选择。
+
+### 2.3 选择性安装
+
+只复制需要的组件，例如：
+
+```bash
+cp -r /tmp/claude-scholar/skills/research-ideation ~/.claude/skills/
+cp -r /tmp/claude-scholar/skills/ml-paper-writing ~/.claude/skills/
+cp /tmp/claude-scholar/agents/paper-miner.md ~/.claude/agents/
+cp /tmp/claude-scholar/rules/*.md ~/.claude/rules/
+```
+
+## 3. Agent 快速索引
+
+| Agent | 适用场景 | 核心功能 | 调用方法 |
+|---|---|---|---|
+| `literature-reviewer` | 新研究主题、文献综述、research gap、proposal 前期论证 | 多源检索论文；通过 Zotero MCP 导入 DOI/arXiv/URL；自动建 collection；读取 PDF 全文；生成综述、gap、研究问题和 BibTeX | 自然语言说“conduct literature review/search papers/identify research gaps”；或用 `/research-init`、`/zotero-review` |
+| `paper-miner` | 从优秀论文、申报书、BP、答辩材料中学习写作方式 | 读取 PDF/DOCX/arXiv/网页；抽取写作模式、结构信号、可复用表达、venue signals、rebuttal 表达；写入全局 writing memory | `/mine-writing-patterns <source> <focus>`，focus 可为 `general/introduction/method/results/rebuttal/venue` |
+| `rebuttal-writer` | 审稿回复、专家意见回复、项目评审修改说明 | 拆分 reviewer comments；分类 Major/Minor/Typos/Misunderstanding；选择 Accept/Defend/Clarify/Experiment；生成逐条回复 | `/rebuttal <review_file>` 或自然语言要求“respond to reviewers/analyze review comments” |
+| `code-reviewer` | 代码或脚本修改后的质量与安全审查 | 检查 git diff、硬编码密钥、输入验证、性能、测试覆盖、依赖许可、可维护性 | `/code-review` 或代码修改后自动触发 |
+| `tdd-guide` | 明确要求测试先行时 | RED -> GREEN -> REFACTOR，小步编写失败测试、最小实现、验证 | `/tdd` 或明确说“用 TDD” |
+| `kaggle-miner` | 学习 Kaggle 竞赛方案和工程经验 | 提取 Top solutions、技术路线、代码模板、best practices，按 NLP/CV/Tabular/Time Series/Multimodal 分类 | 提供 Kaggle URL 或请求“learn from Kaggle solutions” |
+
+本项目最常用组合：
+
+```text
+paper-miner       -> 学习已有材料的结构与表达
+literature-reviewer -> 补外部文献证据
+review-response / rebuttal-writer -> 模拟专家质询与修改说明
+code-reviewer     -> 检查知识库脚本、批处理脚本和备份流程
+```
+
+## 4. 学术写作与润色 Skill 索引
+
+| Skill | 作用 | 本项目推荐用法 |
+|---|---|---|
+| `research-ideation` | 5W1H、gap analysis、Research Question Card、方法选择、项目计划 | 把“手术图文报告/导航/机器人/智能感知”拆成科学问题、应用痛点、证据需求和可交付成果 |
+| `ml-paper-writing` | 顶会论文写作、claim ledger、引用核验、LaTeX、related work | 借用 claim-evidence gate：每个结论都要能回到来源材料或文献 |
+| `citation-verification` | 核查引用真实性、元数据、DOI/arXiv、claim 是否真的由文献支持 | 写项目背景和立项依据时避免伪引用、弱引用和过强表述 |
+| `writing-anti-ai` | 中英文去 AI 味、减少机械连接词和空泛排比 | 润色申报书、成果总结、商业计划书，保留正式但更自然的表达 |
+| `paper-self-review` | 投稿前自审，检查结构、逻辑、引用、图表和过度声称 | 用作标书/申报书提交前的专家预审清单 |
+| `review-response` | 审稿意见分类、回复策略、逐点答复 | 可迁移为“评审意见预演/答辩问答/修改说明” |
+| `doc-coauthoring` | 大型文档协作写作、结构设计、读者测试 | 用于长篇申报书、博士论文摘要、项目申请书重构 |
+| `daily-paper-generator` | arXiv/bioRxiv 主题论文日报 | 围绕手术 AI、Surgical VQA、Surgical Report Generation、MIS navigation 做定期文献追踪 |
+| `publication-chart-skill` | 论文级图表、pubfig/pubtab、图表 QA | 用于技术路线图、系统架构图、实验结果表的发表级整理 |
+| `results-analysis` | 统计分析、图表、effect size、CI、多重比较 | 若后续有实验结果或系统评测表，用它生成可信结果叙述 |
+| `results-report` | 把严格分析产物写成内部实验总结 | 将系统评测、临床验证、消融实验写成可引用报告 |
+| `nature-writing` | Nature 系列文章的章节写作和论证构建 | 可借用其“高密度、证据前置、叙事清晰”的写作纪律 |
+| `nature-polishing` | Nature 风格润色和语言打磨 | 用于英文摘要、英文论文或高端期刊风格材料 |
+| `nature-response` | Nature 系列逐点审稿回复 | 可参考其“comment-response tracker”处理专家意见 |
+| `nature-data` | 数据可得性、FAIR、数据引用 | 用于数据、代码、伦理、临床资料可得性说明 |
+| `expression-skill` | 结论先行、证据支撑、风险提示、下一步明确 | 用于所有项目汇报和阶段总结 |
+| `planning-with-files` | 用 `task_plan.md`、`notes.md`、deliverable 文件持久化复杂任务 | 后续知识库构建建议默认启用 |
+
+## 5. 知识库与 Obsidian 相关 Skill
+
+| Skill | 功能 | 本项目落地方式 |
+|---|---|---|
+| `obsidian-project-kb-core` | 初始化和维护项目级 Obsidian KB，管理 Hub、Plan、Index、registry、Daily | 可把本项目绑定成 `Research/TWBG_Materials/` |
+| `obsidian-source-ingestion` | 将外部资料路由到 `Sources/Papers/Web/Docs/Data/Interviews/Notes` | 把 `核心资料汇总_MD` 中 19 份材料作为 `Sources/Docs` 或 `Sources/Proposals` |
+| `obsidian-literature-workflow` | 从 paper notes 生成 Literature Overview、Method Taxonomy、Research Gaps、Claim Map、literature.canvas | 后续补医学/手术 AI 文献时使用 |
+| `obsidian-kb-artifacts` | 生成或修复 canvas、Bases 和派生知识图谱 | 适合生成“项目-成果-论文-专利-系统模块”关系图 |
+| `zotero-obsidian-bridge` | Zotero 论文集合到 Obsidian paper notes 的桥接 | 外部文献进入 Zotero 后，再沉淀为 `Sources/Papers` |
+| `defuddle` | 网页内容抽取和清理 | 把网页新闻、政策、公示、成果转化页面清理成 Markdown |
+
+## 6. Slash Command 快速索引
+
+### 6.1 文献与研究启动
+
+| Command | 用途 | 示例 |
+|---|---|---|
+| `/research-init` | 初始化研究主题，创建 Zotero collection，生成 Research Question Card、文献综述或 proposal | `/research-init "surgical report generation minimally invasive surgery" focused both` |
+| `/zotero-review` | 读取 Zotero collection，做深度文献分析并写入 Obsidian KB | `/zotero-review "Surgical AI Report Generation" deep` |
+| `/zotero-notes` | 批量生成 Zotero 论文阅读笔记 | `/zotero-notes "Surgical Navigation" detailed` |
+
+### 6.2 写作与润色
+
+| Command | 用途 | 示例 |
+|---|---|---|
+| `/mine-writing-patterns` | 从论文、标书、BP 中提取写作模式 | `/mine-writing-patterns 核心资料汇总_MD/.../项目申请书.md introduction` |
+| `/rebuttal` | 生成审稿/评审意见逐点回复 | `/rebuttal review-comments.md` |
+| `/poster` | 设计学术会议海报 | `/poster` |
+| `/presentation` | 创建会议或答辩 slides | `/presentation` |
+
+### 6.3 知识库
+
+| Command | 用途 | 说明 |
+|---|---|---|
+| `/kb-init` | 初始化项目知识库 | 创建 `Research/{project-slug}/` |
+| `/kb-ingest` | 导入外部材料 | PDF/Markdown/网页/数据集进入 `Sources/*` |
+| `/kb-promote` | 将稳定内容提升为 canonical knowledge | 从 source note 或 Daily 提升到 `Knowledge/`、`Writing/` |
+| `/kb-literature-review` | 从 `Sources/Papers` 生成文献综合 | 需要 Evidence Records 足够 |
+| `/kb-index` | 刷新 `02-Index.md` | 只更新自动索引块 |
+| `/kb-map` | 生成/修复 canvas 或关系图 | 默认文献图是 `Maps/literature.canvas` |
+| `/kb-lint` | 健康检查 | 查断链、孤立页、registry 覆盖、canvas 有效性 |
+| `/kb-sync` | 同步 scaffold、registry、index、Daily | 批量变更后使用 |
+| `/kb-status` | 汇总 KB 状态 | 看绑定、计数和关键路径 |
+| `/kb-log` | 更新 Daily 和项目运行时记忆 | 每次知识库工作结束后记录 |
+
+### 6.4 实验与代码
+
+| Command | 用途 |
+|---|---|
+| `/analyze-results` | blocker-first 实验后分析，生成统计、图表和结果报告 |
+| `/code-review` | 代码质量和安全审查 |
+| `/tdd` | 测试驱动开发 |
+| `/verify` | 运行验证流程 |
+| `/commit` | 辅助提交 |
+
+## 7. Zotero MCP 能力
+
+`literature-reviewer`、`/research-init`、`/zotero-review`、`/zotero-notes` 依赖 Zotero MCP 时能力最完整。
+
+主要工具：
+
+- 导入：`zotero_add_items_by_identifier`、`zotero_add_items_by_doi`、`zotero_add_items_by_arxiv`、`zotero_add_item_by_url`
+- 读取：`zotero_get_collections`、`zotero_get_collection_items`、`zotero_search_items`、`zotero_get_item_metadata`、`zotero_get_item_fulltext`
+- 更新：`zotero_create_collection`、`zotero_move_items_to_collection`、`zotero_update_item`、`zotero_update_note`
+- PDF：`zotero_find_and_attach_pdfs`、`zotero_add_linked_url_attachment`
+- 清理：`zotero_reconcile_collection_duplicates`
+
+Codex CLI 配置示例：
+
+```toml
+[mcp_servers.zotero]
+command = "zotero-mcp"
+args = ["serve"]
+enabled = true
+
+[mcp_servers.zotero.env]
+ZOTERO_API_KEY = "your-api-key"
+ZOTERO_LIBRARY_ID = "your-user-id"
+ZOTERO_LIBRARY_TYPE = "user"
+UNPAYWALL_EMAIL = "your-email@example.com"
+UNSAFE_OPERATIONS = "all"
+NO_PROXY = "localhost,127.0.0.1"
+```
+
+## 8. 本项目推荐调用路径
+
+### 8.1 从 `核心资料汇总_MD` 学习材料写法
+
+```text
+请使用 paper-miner 的方式读取 `核心资料汇总_MD` 中的博士论文、项目申请书、BP 和支撑材料，
+抽取以下写作模式：
+1. 项目背景如何从临床问题进入技术问题；
+2. 系统贡献如何分层描述；
+3. 图文报告、手术导航、智能感知、机器人协同的叙事线；
+4. 可迁移到新申报书的章节结构和高频表达；
+5. 需要证据支撑或避免过度声称的表述。
+```
+
+### 8.2 建立 claim-evidence 台账
+
+```text
+请读取 `核心资料汇总_MD`，按 Evidence Record 格式建立“项目核心论断-证据台账”：
+每条记录包含来源文件、页码或章节、支持的论断、证据强度、允许表述、禁止更强表述。
+```
+
+### 8.3 润色项目申报书
+
+```text
+请用 writing-anti-ai + paper-self-review 的方式润色以下段落：
+要求保留正式申报语气，减少套话，所有无法由 `核心资料汇总_MD` 支撑的结论标为 [需证据]。
+```
+
+### 8.4 专家评审预演
+
+```text
+请使用 review-response 的思路，模拟 5 类专家质询：
+技术原创性、临床转化、数据合规、系统可落地性、市场/成果转化。
+对每个问题给出建议答复和需要补强的材料路径。
+```
+
+## 9. 对本项目的使用边界
+
+- `claude-scholar` 原生更偏计算机科学/AI 研究；本项目可借用流程，但医学、临床、伦理、成果转化相关论断仍需用本项目材料或权威文献核证。
+- `核心资料汇总_MD` 是内部 source of truth，但其中的商业计划书和申报书可能包含宣传性语言，进入知识库时要分清“已验证事实”“项目目标”“预期效果”“商业表达”。
+- 所有写作结论应能回链到具体来源材料、文献、专利、伦理、转化公示或系统截图。
+- 文档润色不是单纯“变漂亮”，优先级应为：事实准确、逻辑闭环、证据可追溯、读者能快速理解价值。