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文档润色 Agent 与 Claude Scholar 学术插件快速索引

问题开始时间：2026-06-11-03-26-41

资料来源：

• GitHub 仓库：https://github.com/Galaxy-Dawn/claude-scholar
• 本地下载目录：文档润色流和知识库构建流/claude-scholar
• 本次核对的 GitHub HEAD：34d0cdb48a03080c7243841e19ff03ef30967d97
• 重点阅读文件：README.zh-CN.md、CLAUDE.zh-CN.md、MCP_SETUP.zh-CN.md、OBSIDIAN_SETUP.zh-CN.md、agents/*.md、skills/*/SKILL.md、commands/*.md、rules/*.md

1. 总体定位

claude-scholar 是面向学术研究和软件开发的半自动研究助手插件。它的核心路线是：

问题 -> 证据 -> 实验 -> 分析 -> 论断 -> 写作

它不负责替代研究者做最终判断，而是把文献整理、证据台账、项目知识库、论文或标书写作、引用核验、审稿回复、结果分析等重复但高要求的环节结构化。

对“文档润色流”的价值主要有五点：

• 把模糊主题拆成研究问题、证据需求、假设和下一步动作；
• 用 Zotero 和 Obsidian 把资料沉淀成可追溯知识库；
• 用 claim-evidence gate 防止无证据论断进入正式文本；
• 用 paper-miner、writing-anti-ai、nature-polishing 等技能辅助润色；
• 用 paper-self-review、citation-verification 做提交前自审。

2. 安装与使用入口

2.1 完整安装

git clone https://github.com/Galaxy-Dawn/claude-scholar.git /tmp/claude-scholar
bash /tmp/claude-scholar/scripts/setup.sh

说明：

• main 分支面向 Claude Code；
• Codex CLI 应参考仓库的 codex 分支；
• Kimi Code CLI 和 OpenCode 也分别有对应分支；
• 完整安装会安装 skills、commands、agents、rules、hooks 等组件，并尽量保留用户已有配置。

2.2 插件市场安装

/plugin marketplace add Galaxy-Dawn/claude-scholar
/plugin install claude-scholar@claude-scholar

注意：

• 插件市场会加载 skills、commands、agents 和 hooks；
• rules/ 需要手动复制；
• 插件不会自动合并已有 CLAUDE.md 或自动配置 settings.json；
• Zotero MCP、Obsidian vault 等外部集成仍需手动配置。

2.3 手动选择性安装

适合只需要文档润色与学术写作能力时：

cp -r /tmp/claude-scholar/skills/research-ideation ~/.claude/skills/
cp -r /tmp/claude-scholar/skills/ml-paper-writing ~/.claude/skills/
cp -r /tmp/claude-scholar/skills/citation-verification ~/.claude/skills/
cp -r /tmp/claude-scholar/skills/writing-anti-ai ~/.claude/skills/
cp -r /tmp/claude-scholar/skills/paper-self-review ~/.claude/skills/
cp -r /tmp/claude-scholar/skills/doc-coauthoring ~/.claude/skills/
cp /tmp/claude-scholar/agents/paper-miner.md ~/.claude/agents/
cp /tmp/claude-scholar/agents/literature-reviewer.md ~/.claude/agents/

3. Agent 快速索引

Agent 通常由 Claude Code 根据触发描述自动调度。用户侧最稳妥的调用方式是自然语言明确说明任务，或使用相应 slash command 间接触发。

Agent	主要功能	何时使用	典型调用
literature-reviewer	检索论文、导入 Zotero、创建主题 collection、读取全文、综合文献、识别 research gap	新研究主题、文献综述、研究空白分析、proposal 前期	“请围绕 X 做系统文献综述”；/research-init "topic" focused both；/zotero-review "collection" deep
paper-miner	从 PDF、DOCX、arXiv 或论文网页中提炼写作模式、段落结构、venue-specific signals、rebuttal 策略	学习优秀论文、获批标书、Nature/NeurIPS 写法	/mine-writing-patterns path/to/paper.pdf introduction；“请从这篇论文中提炼可复用写作结构”
rebuttal-writer	解析审稿意见，分类 Major/Minor/typo/misunderstanding，选择 Accept/Defend/Clarify/Experiment 策略，写逐点回复	审稿回复、修改说明、专家意见答复	/rebuttal review-comments.md；“请帮我逐条回应评审意见”
kaggle-miner	从 Kaggle 竞赛和优胜方案中抽取工程路线、模型策略、best practices、代码模板	需要从竞赛方案学习技术路径	“Learn from this Kaggle competition: URL”
code-reviewer	审查 git diff 中的安全、质量、性能、测试覆盖、硬编码密钥等问题	修改代码后、提交前	/code-review；“请 review 当前改动”
tdd-guide	以 RED -> GREEN -> REFACTOR 推进测试驱动开发	明确要求 TDD 或风险较高功能	/tdd 实现 X；“请先写失败测试再实现”

4. 学术写作与文档润色 Skill 索引

Skill	功能	文档润色中的用法
research-ideation	5W1H、研究问题定义、gap analysis、method selection、research planning	把标题或方向拆成科学问题、研究假设、证据需求、证伪条件和最小下一步
doc-coauthoring	大型文档协作写作，包含上下文收集、结构搭建、逐节打磨、读者测试	用于标书、proposal、技术方案、决策文档的分节共写
ml-paper-writing	面向顶会论文的写作、相关工作、引用核验和 claim ledger	借用其 claim-evidence 纪律，避免把计划、动机或猜测写成已证实结论
nature-writing	根据 claims、figures、results、notes 或中文草稿重建 Nature 风格章节	起草 abstract、introduction、results narrative、discussion
nature-polishing	将稿件润色、重组或翻译为更接近 Nature 风格的精炼英文	中英文学术段落精炼、hedging、逻辑顺序调整
nature-response	Nature 系修回逐点回复	处理 editor letter、reviewer comments、revision notes
nature-data	Data Availability、repository plan、FAIR metadata	写数据可用性、数据仓库方案和受限数据说明
citation-verification	核验 DOI、arXiv、CrossRef、Semantic Scholar、Zotero 元数据和论断-引用对齐	写作时逐条核查参考文献是否真实、是否支撑对应论断
writing-anti-ai	去除中英文 AI 写作痕迹，减少空泛套话、机械排比和过度连接词	标书和论文润色最后一轮使用，使表达自然但不过度口语化
paper-self-review	投稿或提交前结构、逻辑、引用、图表、合规性、过度声称检查	提交标书或论文前做 claim audit 和结构自审
review-response	审稿意见分析与 rebuttal 工作流	对评审意见、专家修改建议做分类和逐条回应
publication-chart-skill	论文级图表和表格工作流	机制图、技术路线图、实验结果图表的质量控制
latex-conference-template-organizer	整理会议 LaTeX 模板为 Overleaf-ready 结构	论文投稿模板整理
zotero-obsidian-bridge	把 Zotero 作为文献源，向 Obsidian KB 写入 Sources/Papers、Knowledge、Writing	文献笔记、证据记录、相关工作草稿联动

5. Slash Command 快速索引

5.1 研究启动与文献

Command	用途	示例
/research-init	初始化研究主题，创建或审计 Zotero collection，生成 research question card，证据足够时才生成 proposal	/research-init "static magnetic field exosome macrophage polarization" focused both
/zotero-review	读取 Zotero collection，生成文献综述、方法分类、研究空白、相关工作草稿	/zotero-review "ATC-MagneticField" deep
/zotero-notes	批量读取 Zotero collection 并写详细论文笔记	/zotero-notes "ATC-MagneticField" detailed
/mine-writing-patterns	从论文或标书中抽取写作模式并更新 paper-miner 全局写作记忆	/mine-writing-patterns path/to/grant.pdf proposal

5.2 写作、润色与回复

Command	用途	示例
/rebuttal	生成带证据锚点的逐点审稿回复	/rebuttal review-comments.md
/presentation	生成会议报告结构和讲解指导	/presentation paper.md 20min
/poster	整理论文内容并生成海报版式与内容指导	/poster paper.md
/promote	起草社交媒体、博客或外部传播摘要	/promote paper.md

5.3 Obsidian 项目知识库

Command	用途
/kb-init	初始化 Research/{project-slug}/ 项目知识库
/kb-status	汇总当前 KB 绑定、registry 和关键路径
/kb-ingest	将新资料路由到 Sources/Papers、Sources/Web、Sources/Docs 等
/kb-log	更新当天 Daily/、必要时更新 plan/hub/project memory
/kb-sync	确定性刷新 scaffold、registry、index、daily、绑定状态
/kb-links	修复或增强 canonical notes 之间的 wikilink
/kb-promote	将稳定内容从 Daily 或 source note 提升到 Knowledge、Writing 等
/kb-index	刷新 02-Index.md 自动索引块
/kb-lint	检查断链、registry 覆盖、index 覆盖、canvas 有效性
/kb-archive	archive、detach、purge、rename KB 对象
/kb-map	生成或修复 literature canvas、可选 Bases 或其他显式图谱
/kb-literature-review	从 Sources/Papers 生成证据门槛下的文献综合和 Maps/literature.canvas

5.4 代码、验证与项目维护

Command	用途
/analyze-results	blocker-first 实验分析，证据足够时生成统计、图表和结果报告
/verify	类型检查、lint、测试、安全扫描、git 状态
/code-review	对未提交改动做安全和质量审查
/tdd	测试驱动开发
/commit	本地 Conventional Commit，不推送
/update-github	commit 并推送到远程
/checkpoint	创建或验证工作流 checkpoint

6. Zotero MCP 调用方法

Zotero MCP 是 literature-reviewer、/research-init、/zotero-review、/zotero-notes 的核心外部能力。

Codex CLI 配置示例：

[mcp_servers.zotero]
command = "zotero-mcp"
args = ["serve"]
enabled = true

[mcp_servers.zotero.env]
ZOTERO_API_KEY = "your-api-key"
ZOTERO_LIBRARY_ID = "your-user-id"
ZOTERO_LIBRARY_TYPE = "user"
UNPAYWALL_EMAIL = "your-email@example.com"
UNSAFE_OPERATIONS = "all"
NO_PROXY = "localhost,127.0.0.1"

常用工具：

• 导入：zotero_add_items_by_identifier、zotero_add_items_by_doi、zotero_add_items_by_arxiv、zotero_add_item_by_url
• 读取：zotero_get_collections、zotero_get_collection_items、zotero_search_items、zotero_get_item_metadata、zotero_get_item_fulltext
• 更新：zotero_create_collection、zotero_move_items_to_collection、zotero_reconcile_collection_duplicates
• PDF：zotero_find_and_attach_pdfs、zotero_add_linked_url_attachment

默认导入策略：

1. 优先抽取 DOI、arXiv ID、publisher landing page 或 PDF URL；
2. 使用 zotero_add_items_by_identifier 导入；
3. 导入时尝试自动附加 PDF；
4. 导入后运行 collection 去重；
5. abstract-only 或 webpage-placeholder 不能支撑稳定写作论断。

7. 推荐的文档润色流程

7.1 标书或论文初稿前

research-ideation
  -> Research Question Card
  -> Evidence Records
  -> Gap Analysis
  -> Proposal Readiness Gate

建议口令：

请使用 research-ideation，把这个题目拆成研究问题、研究假设、证据需求、证伪条件、研究内容和最小下一步。

7.2 资料与文献入库

Zotero / local PDFs / web sources
  -> Sources/Papers 或 Sources/Docs
  -> Evidence Record
  -> Knowledge synthesis
  -> Writing draft

建议口令：

请把这些论文作为 Sources/Papers 入库，逐篇生成 Evidence Record。只有证据足够的论断才能提升到 Knowledge 或 Writing。

7.3 学习优秀文本

paper-miner
  -> structure signals
  -> reusable phrasing
  -> venue-specific signals
  -> global writing memory

建议口令：

请用 paper-miner 分析这份获批标书，提炼可迁移的章节结构、论证节奏和常用表达。不要复制具体疾病背景或未核实数据。

7.4 段落润色

先做证据检查，再做语言润色：

paper-self-review / citation-verification
  -> claim audit
  -> writing-anti-ai / nature-polishing
  -> final wording

建议口令：

请先检查这段话中哪些论断需要证据，给出 keep / weaken / revise / remove，再用 writing-anti-ai 风格润色，保留学术严谨性。

8. 对本项目的使用建议

• 不要直接把 claude-scholar 当成“医学标书自动生成器”；它原生偏 CS/AI 研究，更适合借用流程纪律。
• 对标书写作，最重要的是 research-ideation、doc-coauthoring、citation-verification、paper-self-review、writing-anti-ai、paper-miner。
• 任何疾病背景、材料性能、实验结论、政策数据或文献事实都应进入 Evidence Record，再进入正文。
• 可以复用优秀标书的结构、论证顺序、段落功能和语气，但不要复用未经核实的事实性论断。
• 文档最终提交前至少做三轮检查：引用核验、claim audit、AI 痕迹润色。

9. 最小调用清单

1. 新主题：
   /research-init "topic" focused both

2. 文献集合综述：
   /zotero-review "collection-name" deep

3. 批量论文笔记：
   /zotero-notes "collection-name" detailed

4. 学习优秀写法：
   /mine-writing-patterns path/to/source.pdf proposal

5. 知识库入库：
   /kb-ingest path/to/source.pdf

6. 文献综合：
   /kb-literature-review

7. 标书/论文自审：
   请使用 paper-self-review 做 claim audit。

8. 去除 AI 痕迹：
   请使用 writing-anti-ai 润色以下段落。