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文档润色流和知识库构建流/claude-scholar/OBSIDIAN_SETUP.ja-JP.md

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+# Obsidianプロジェクトナレッジベース セットアップ
+
+Claude Scholarには、Obsidian研究ナレッジベースワークフローが内蔵されています。MCPやAPIキーは不要です。
+
+## このワークフローでできること
+
+Obsidianは単なる論文ライブラリではなく、研究プロジェクトの既定ナレッジレイヤとして扱われます。保存対象は次の通りです。
+
+- 安定したプロジェクト背景と研究課題
+- 論文ノートと文献統合
+- 実験 runbook と結果要約
+- 日次研究ログ、scratch notes、同期キュー
+- draft、slides、proposal、rebuttal などの執筆資産
+- 主作業面に残し続けるべきでない履歴知識
+
+## Requirements
+
+### Required
+- ローカルの Obsidian vault パス
+- `OBSIDIAN_VAULT_PATH` を環境変数で設定するか、bootstrap 時に明示的に渡すこと
+
+### Optional
+- ナビゲーション用に Obsidian Desktop をインストールして開いておくこと
+- open/search/daily 操作用の `obsidian` CLI
+- きれいな `obsidian://` リンクや CLI targeting 用の `OBSIDIAN_VAULT_NAME`
+
+## 内蔵 skills
+
+Claude Scholar には project-scoped な Obsidian KB workflow が含まれています。
+
+既定ワークフローの中心は次の skills です。
+
+- `obsidian-project-kb-core`
+- `obsidian-source-ingestion`
+- `obsidian-literature-workflow`
+- `obsidian-kb-artifacts`
+- `defuddle`
+
+既定ワークフローは `.base`、MCP、API サービスに依存しません。既定で自動保守されるグラフ artifact は `Maps/literature.canvas` のみで、追加の `.base` view や project / experiment canvas は explicit-only です。
+
+## 既定の挙動
+
+Claude Scholar が `.claude/project-memory/registry.yaml` を含むリポジトリ内で実行されている場合、そのリポジトリを Obsidian プロジェクトナレッジベースにバインド済みとして扱い、既定で更新を行います。
+
+まだバインドされていなくても、`.git`、`README.md`、`docs/`、`notes/`、`plan/`、`results/`、`outputs/`、`src/`、`scripts/` などから研究リポジトリらしいと判断できる場合は、自動で bootstrap します。
+
+## Vault 内の既定ディレクトリ構成
+
+```text
+Research/{project-slug}/
+  00-Hub.md
+  01-Plan.md
+  02-Index.md
+  Sources/
+    Papers/
+    Web/
+    Docs/
+    Data/
+    Interviews/
+    Notes/
+  Knowledge/
+  Experiments/
+  Results/
+    Reports/
+  Writing/
+  Daily/
+  Maps/
+  Archive/
+  _system/
+    registry.md
+    schema.md
+    lint-report.md
+```
+
+よく生成されるファイルは次の通りです。
+
+- `02-Index.md`
+- `_system/registry.md`
+- `_system/schema.md`
+- `_system/lint-report.md`
+- `.claude/project-memory/{project_id}.md`
+- 文献ワークフローで必要な場合の `Maps/literature.canvas`
+
+## Repo-local binding metadata
+
+各研究リポジトリは次を持ちます。
+
+```text
+.claude/project-memory/
+  registry.yaml
+  {project_id}.md
+```
+
+- `registry.yaml` は repo ↔ vault の binding を保持
+- `{project_id}.md` は assistant-facing な runtime project memory を保持
+
+## ノート言語
+
+生成・同期ノートの言語は次の優先順位で決まります。
+1. `.claude/project-memory/registry.yaml` の project config
+2. 環境変数 `OBSIDIAN_NOTE_LANGUAGE`
+3. 既定値 `en`
+
+注意：`registry.yaml` は repo-local runtime binding file のままです。プロジェクト内で見える source of truth は `_system/registry.md` です。
+
+## 主なコマンド
+
+- `/kb-init` — vault-first の project KB を初期化
+- `/kb-status` — バインド済み KB の状態を要約
+- `/kb-ingest` — 新しい source material を canonical notes にルーティング
+- `/kb-log` — 当日の `Daily/` と関連サーフェスを更新
+- `/kb-sync` — 決定論的な KB メンテナンスと再同期を実行
+- `/kb-links` — canonical notes 間の wikilink を修復または強化
+- `/kb-promote` — 安定した内容を canonical note に昇格
+- `/kb-index` — `02-Index.md` を再生成
+- `/kb-lint` — 決定論的な KB 健全性チェックを実行し `_system/lint-report.md` を更新
+- `/kb-archive` — KB オブジェクトを archive、detach、purge、rename する
+- `/kb-map` — 既定の literature canvas 以外の artifact を明示要求時に生成
+- `/kb-literature-review` — `Sources/Papers` から文献統合を生成し `Knowledge`、`Writing`、`Maps/literature.canvas` に反映する
+
+## バインド済み repo の最小メンテナンス面
+
+リポジトリが `.claude/project-memory/registry.yaml` で既にバインドされている場合、Claude Scholar は保守を保守的に行います。
+
+- 研究状態が変わったら `Daily/YYYY-MM-DD.md` を確認する
+- project のトップレベル状態が本当に変わったときだけ `00-Hub.md` を更新する
+- project 状態が変わったら `.claude/project-memory/{project_id}.md` を更新する
+- `Knowledge/`、`Experiments/`、`Results/`、`Writing/` は毎回自動で書き換えず agent-first を維持する
+
+## オプション: Obsidian CLI のインストール
+
+公式 Obsidian CLI は新しいデスクトップインストーラーに内蔵されています。`obsidian ...` を使うには：
+
+1. CLI 登録をサポートする Obsidian Desktop を使う
+2. Obsidian Desktop で `Settings -> General -> Advanced` を開く
+3. **Command line interface** を有効にする
+4. macOS では `/Applications/Obsidian.app/Contents/MacOS` を `PATH` に追加する（例: `~/.zprofile`）
+5. ターミナルを再起動して次で確認する
+
+```bash
+obsidian help
+obsidian search query="diffusion" limit=5
+```
+
+`Command line interface is not enabled` と出る場合、シェル側の PATH は正しいが Obsidian アプリ内のトグルがまだオフです。
+
+## Lifecycle actions
+
+### Detach
+- 自動同期を停止する
+- vault 内容は残す
+- project memory file も残す
+
+### Archive
+- **note archive** は canonical note を `Research/{project-slug}/Archive/` に移動する
+- **project archive** はプロジェクト全体を `Research/_archived/{project-slug}-{date}/` に移動する
+- archive は履歴を保持し、project archive では同期も無効化する
+
+### Purge
+- binding、project memory、vault 内の project folder を永久削除する
+- 明示的に永久削除を求められた場合のみ使う